Ban Tổ chức Thành Đoàn do Ban Thường vụ Thành Đoàn Cần Thơ quyết định thành lập, có con dấu riêng để giao dịch công tác và thực hiện nhiệm vụ được Ban Thường vụ Thành Đoàn giao cho. Là cơ quan tham mưu trực tiếp cho Nhóm Thường trực, Ban Thường vụ, Ban Chấp hành Thành Đoàn các công tác về tổ chức – xây dựng Đoàn và tổ chức, cán bộ của cơ quan Thành Đoàn. Là cơ quan chuyên môn, chịu trách nhiệm tổ chức lý luận và thực hiện các nghiệp vụ trong lĩnh vực xây dựng Đoàn và tổ chức cán bộ của Đoàn TNCS Hồ Chí Minh. Là cơ quan tham mưu trực tiếp cho Nhóm Thường trực, Ban Thường vụ, Ban Chấp hành Thành Đoàn về các công tác Đối ngoại thanh niên, phát triển - hợp tác Quốc tế thanh niên trong toàn Đoàn bộ.